Foi o pioneiro no estudo das moléstias tropicais e da medicina experimental no Brasil. Fundou em 1900 o Instituto Soroterápico Nacional no bairro de Manguinhos, no Rio de Janeiro, transformado em Instituto Oswaldo Cruz, respeitado internacionalmente.
Diretor-geral da Saúde Pública (1903), nomeado por José Joaquim Seabra, Ministro da Justiça, e pelo Presidente Rodrigues Alves, coordenou as campanhas de erradicação da febre amarela e da varíola, no Rio de Janeiro. A nomeação foi uma surpresa geral.
Organizou os batalhões de "mata-mosquitos", encarregados de eliminar os focos dos insetos transmissores. Convenceu Rodrigues Alves a decretar a vacinação obrigatória, o que provocou a rebelião de populares e da Escola Militar (1904) contra o que consideram uma invasão de suas casas e uma vacinação forçada, o que ficou conhecido como Revolta da Vacina.
A cidade era uma das mais sujas do mundo, pois dos boletins sanitários da época se lê que a Saúde Pública em um mês vistoriou 14.772 prédios, extinguiu 2.328 focos de larvas, limpou 2.091 calhas e telhados, 17.744 ralos e 28.200 tinas. Lavou 11.550 caixas automáticas e registos, 3.370 caixas d´água, 173 sarjetas, retirando 6.559 baldes de lixo e dos quintais de casas e terrenos 36 carroças de lixo, gastando 1.901 litros de petróleo (são dados do livro indicado abaixo, de Sales Guerra).
Premiado no Congresso Internacional de Higiene e Demografia, em Berlim (1907), deixou a Saúde Pública (1909).
Dirigiu a campanha de erradicação da febre amarela em Belém do Pará e estudou as condições sanitárias do vale do rio Amazonas e da região onde seria construída a Estrada de Ferro Madeira-Mamoré.
Em 1916, ajudou a fundar a Academia Brasileira de Ciências e, no mesmo ano, assumiu a prefeitura de Petrópolis. Doente, faleceu um ano depois, não tendo completado o seu mandato. O mundo inteiro lamentou sua morte no dia, com mais de que um minuto de silêncio.
Sua vida é retratada no romance Sonhos Tropicais de Moacyr Scliar."
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